Lontano da Santa Maria Novella per più di vent'anni, magistralmente restaurato, nel 2000 è tornato ed è stato rimesso in chiesa dove, escluso il periodo relativamente breve della sua permanenza in sagrestia, era sempre stato, seppure in luoghi diversi. Originariamente sull'altare maggiore o, più probabilmente volto verso l'aula dei fedeli, sul "ponte" demolito dai Vasari - più o meno nella posizione ed all'altezza in cui si trova oggi -, nella prima metà del XVI secolo fu spostato sulla facciata interna, sopra al portale centrale dove rimase fino al 1937 appoggiato su quella base di pietra che gli fu fatta in occasione della ristrutturazione ottocentesca e che ancora si vede.
Il Crocifisso è adesso al centro della chiesa ed elevato in alto, quale vessillo del Dio sovrano. Esso è ispirato alla scuola della spiritualità francescana del Cristo patiens che evidenzia il tema della passione rispetto a quello della gloria e per questo i suoi colori sono il nero, il bianco e il rosso, colori che rappresentano la morte, la pura innocenza, il sangue e, appunto, la passione. È l'immagine del corpo di Cristo colto nell'istante dell'abbandono della vita simboleggiata dal sangue che sgorga dalle sue membra, della materia privata dell'anima ma comunque esaltata dall'incarnazione divina e, quindi, destinata alla resurrezione.
Qui, la straordinaria bellezza risiede nel realismo del modello che non è più idealizzato, come nell'arte bizzantina, ma è rispondente al vero. Nel Cristo raffigurato dal celebre pittore si sublima pertanto ogni corpo che in Cristo diventa divino e, quindi, destinato alla vita eterna anche se martoriato o straziato dalle pene e dai segni di ogni male.
Nell'uomo vero, dipinto in croce da Giotto, c’è l'adesione perfetta alla lotta dei Domenicani contro l'eresia catara che sosteneva l'assoluta negatività della materia considerata diabolica rispetto allo spirito. La vittoria sull'eresia che negava la divinità dell'umanità di Cristo rese possibile l'umanesimo che è civile e cristiano al contempo e fondamento della civiltà che, in virtù delle sue radici cristiane, ha potuto proclamare la libertà, la fratellanza e l'uguaglianza di tutti gli uomini contribuendo in maniera determinante alla definizione dei diritti umani che, nell'interesse generale, dovranno essere universalmente riconosciuti.
